Come quella di molte nazioni centroamericane, la storia dei regni tribali precolombiani è rintracciabile solo a grandi linee e il percorso da quando gli europei scoprirono il Nuovo Mondo ha avuto implicazioni simili a quelli di tutta la regione intorno.  A partire dalla metà del XX secolo però, il Costa Rica ha prodotto una radicale censura rispetto alle nazioni intorno, abolendo l?esercito, diversificando l?economia e svolgendo un ruolo da piacere nello scacchiere di conflitti che imperversavano nella zona. Tutto ciò ha portato al paese equilibrato e attento alla tutela dell?ambiente.

Le coste e le foreste pluviali dell?America Centrale sono abitate dall?uomo almeno da 10.000 anni a questa parte. Alla vigilia dell?arrivo degli europei, pressappoco 500 anni fa, nel territorio attuale della Costa Rica vivevano circa 400.000 persone anche se, purtroppo, le informazioni su queste culture precolombiane sono assai scarse. Ciò che venne distrutto dai colonizzatori spagnoli è stato ricoperto dalla giungla e la maggior parte delle tracce tribù indigene è semplicemente scomparsa nel nulla. A differenza degli enormi complessi di piramidi rinvenuti in gran parte dell?America Latina, gli antichi villaggi e le città del Costa Rica precolombiano (con l?eccezione di Guayabo) erano poco o per nulla organizzati, non avevano un governo centralizzato e centri cerimoniali. Nella tradizione delle comunità native, però, sopravvivono racconti di città perdute e gli archeologi sperano, prima o poi, di fare qualche grande scoperta. Considerando il fatto che tanta parte del paese è coperta da montagne inaccessibili e da foreste pluviali, forse questi sogni non sono del tutto privi di fondamento. I primi abitanti della Costa Rica facevano parte di un?intesa zona di commerci che partiva dal Perù a sud e raggiungeva il Messico a nord. La regione era abitata da una ventina di piccole tribù, organizzate in regni tribali con un capo assoluto, il Cacique, che era all?apice di una gerarchica che comprendeva sciamani, guerrieri, lavoratori e schiavi. La tribù dei caraibi, popolo di mare, dominava le pianure costiere atlantiche e rappresentava un importante contratto commerciale con il continente sudamericano. Nella regione nord ? occidentale, diverse tribù condividevano le proprie origini con le grandi culture mesoamericano.

Rovine Ujarras, situato in Paraiso de Cartago, sono la più antica struttura coloniale del paese.

Nella Península de Nicoya si sono trovate tracce di pratiche religiose azteche e della maestria nella lavorazione della giada tipica dei maya. Nelle regioni sud ? occidentali, tre regni hanno rivelato l?influenza delle culture native andine, testimoniata ad esempio dall?uso dello yucca e delle patate dolci. Esistono anche prove che la lingua degli Huetar della Maseta Central fosse conosciuta da tutti i gruppi nativi della Costa Rica, indicativo del potere e dell?influenza che esercitavano. In occasione del suo quarto ed ultimo viaggio nel Nuovo Mondo, nel 1502, Cristoforo Colombo fu costretto ad attraccare nei pressi dell?odierna località di puerto Limón, poiché la sua nave era stata gravemente danneggiata. In attesa che l?imbarcazione venisse riparata, Colombo si avventurò nel territorio lussureggiante e scambiò doni con l?amichevole capo della tribù nativa. Al suo ritorno il navigatore affermò di aver visto ?più oro in quei quattro giorni che in quattro giorni a Española?. Colombo battezzò la lingua di terra compresa tra l?Honduras e il Panamá con il nome di Veraguas, ma furono le entusiastiche descrizioni della costa rica (?costa ricca?) a guadagnare alla regione il suo nome definitivo. Almeno questo è quanto racconta la tradizione popolare. Con le successive spedizioni da parte di Diego de Nicuesa, rivale di Colombo, si scoprì il suo resoconto sull? oro scoperto era una menzogna, e quindi la zona era povera di ricchezze minerarie.

Cristoforo Colombo, al suo quarto e ultimo viaggio verso il Nuovo Mondo, cade a Isla Uvita.

Fu soltanto intorno al 1560 che una colonia spagnola si insediò stabilmente in Costa Rica. Nella speranza di trarre benefici dalla coltivazione del ricco suolo vulcanico della Maseta Central, gli spagnoli fondarono il villaggio di Cartago sulle rive del Río Reventazón. Sebbene la neonata colonia fosse estremamente isolata, sopravvisse miracolosamente sotto la guida del suo primo governatore, Juan Vásquez de Coronado che preferendo l?uso della diplomazia a quello delle armi per fronteggiare la minaccia costituita dai nativi, usò Cartago come base per sorvegliare le terre a sud fino al Panamá e a ovest fino al Pacifico, garantendo titolo e proprietà alla neonata colonia.

Coronado morì anni dopo in un naufragio, ma la sua eredità non andò perduta: il Costa Rica fu riconosciuto come provincia del Virreinato de Nueva España, la definizione ufficiale dei territori governati dai vicerè e appartenenti all?impero spagnolo nel Nuovo Mondo.

Vista la natura di territorio paludoso largamente inutilizzabile, il Costa Rica coloniale ebbe una storia diversa da quella di altri paesi circostanti: qui, infatti non salì mai al potere un?aristocrazia terriera basata sullo sfruttamento della schiavitù. Anziché grandi latifondi, miniere e città costiere, nelle zone interne della Maseta Central fiorirono piccoli villaggi e modesti appezzamenti terrieri. Secondo la tradizione nazionale, furono proprio questi stoici autosufficienti la colonia portante di una ?democrazia rurale? e il Costa Rica divenne uno dei pochi territori dell?impero spagnolo dove prevaleva un?organizzazione sociale egualitaria.

La parità dei diritti e opportunità non si estese però ai gruppi di nativi: a mano a mano che l?impero spagnolo allargava i propri confini, la popolazione autoctona diminuiva drasticamente. Dalle 400.000 unità ai tempi del primo sbarco di Colombo, la popolazione nativa già un secolo dopo era scesa a 20.000 e contava appena 8000 abitanti in quello ancora successivo.

I primi a cedere sotto il peso dell?oppressione furono i gruppi della Maseta Central, mentre al di fuori di questa regione diverse tribù riuscirono a sopravvivere più a lungo, nascondendosi nella foresta e sferrando attacchi a sorpresa. Tuttavia, come nel resto dell?America Latina, le ripetute campagne militari alla fine li costrinsero alla sottomissione e schiavitù. La guerra di indipendenza spagnola che vide lottare la Spagna lottare dal 1808 al 1814 contro le truppe francesi sul proprio territorio causò gravissime perdite, e si tradusse in un vuoto di potere che portò alla perdita di quasi tutti i possedimenti coloniali nei primi trent?anni del XIX secolo.

Nel 1821 le Americhe si liberarono del giogo imperiale spagnolo, quando la guerra d?indipendenza messicana si concluse con successo e coinvolse anche le altre colonia dell?America Centrale nel primo effimero, Impero Messicano. Le colonie che da poco avevano ottenuto la libertà iniziarono a riflettere sul proprio destino, cioè se riunirsi o meno in una federazione di stati dell?America Centrale, seguendo il modello statunitense. Nel frattempo, un Costa Rica indipendente stava forgiandosi sotto la guida del liberale Juan Mora Fernández, primo capo di stato (1824-33), che si impegnò a dare basi più solide alla neonata nazione, attraverso la costruzione di nuove città e infrastrutture varie, la pubblicazione di un giornale e il conio della moneta.

I primi anni di indipendenza del Costa Rica non furono segnati da conflitti feroci come avvenne nel resto della regione. Nel 1824, la regione di Nicoya-Guanacaste si separò dal Nicaragua e si unì al suo più pacifico meridionale, definendone i confini territoriali. Nel 1848, sotto la presidenza di José María Castro Madiz (soprannominato ?Fundador de la República?) fu adottata la bandiera nazionale, che secondo la tradizione fu ispirata dalla moglie filofrancese dello stesso presidente (è infatti l?unica dei paesi già appartenenti alla Repubblica Federale del Centro America a contenere anche il colore rosso). Nel 1852 il Costa Rica ricevette le prime visite diplomatiche dagli Stati Uniti e dalla Gran Bretagna.